Томкат можно привязать к нужному айпи, смотрите конфиги его.
И апач так же можно привязать к конкретному айпи, так же конфиги его.
Пхпмайадмин вообще нужен только при установке серва, потом его можно удалить, или вписать права на папку 000
И ставить нормальные права, если понадобится.